В течение ряда лет с болью наблюдал Ломоносов, как в результате происков «неприятелей наук российских» [10, c.55] приходили в упадок академические университет и гимназия, как уменьшалась слава Петербургской Академии.

Видя плачевное состояние наук в России, Ломоносов начал страстную борьбу за устав Академии наук, который способствовал бы ее «исправлению» [14, c.6] и, главное, создал условия, чтобы «иметь своих природных россиян в профессорах» [14, c.7]. Он резко протестовал против такого толкования положения дел в Академии, «что можно подумать . что Санкт-Петербургская Академия наук ныне и впредь должна состоять по большей части из иностранных, то есть природные россияне к тому неспособны» [14, c.8]. Много сил и энергии затратил Ломоносов на устранение различных организационных неполадок в Академии, на то, чтобы ее деятельность «простиралась к пользе и славе отечества» [14, c.8].

Ломоносовские идеи встречали сильнейшее противодействие косного академического руководства. Лишь некоторые из его пред­ложений были приняты после смерти ученого. Другие его идеи (об избрании академиками президента, о введении должности вице-президента и др.) воплотились в жизнь после Октябрьской революции. Однако главное, за что боролся Ломоносов, — превращение Академии в центр национальной русской науки, — было достигнуто. К моменту его смерти в составе Академии было 7 русских профессоров и адъюнктов, а за период с 1766 по 1803 г. из 40 ученых, принятых в Академию на место выбыв­ших, русскими были 14. Если же взять в расчет и полностью обрусевших иностранцев, считавших Россию своей второй родиной, то можно утверждать, что к концу XVIII в. русские ученые заняли в Академии прочное место.

Ломоносов справедливо полагал, что «приведенные в лучшее состояние» [14, c.10] университет и гимназия являлись в то время единственным источником пополнения Академии национальны­ми кадрами. Он составил проект устава этих учебных заведений, добился увеличения ассигнований на них, заботился о комплектовании университета и гимназии квалифицированными русскими преподавателями, составлял новые программы, хлопотал об улуч­шении материального положения студентов и гимназистов. И самое главное, добивался всемерного расширения социального состава учащихся за счет «детей посадских людей, государственных и дворовых крестьян» и даже детей крепостных, правда, если помещик освободит будущего гимназиста от крепостной неволи «навечно» [14, c.11].

Ломоносов замыслил также издать ряд «небольших книжек», в которых собирался дать «сокращенное представление и общее поня­тие обо всех оных науках» [9, c.26]. По мысли ученого, это позволило бы выпускнику гимназии выбрать одну из наук, в которой он «употребит главное свое упражнение» [9, c.27]. К сожалению, замысел этот остался неосуществлен­ным, как и попытка юридически узаконить университет актом тор­жественного открытия с пожалованием ему привилегий.

В результате академический университет влачил жалкое существование. Лекции читались от случая к случаю, количество студентов, особенно русских, было мизерным, постоянно возникала проблема пополнения. И усилия Ломоносова, направленные на улучшение дел, оказывались тщетными. Президент Академии наук К. Г. Разумовский относился ко всему этому более чем равнодушно, а иноземное, в основном, руководство Академической канцелярии не было заинтересовано в создании национальных научных кадров и всячески препятствовало «происхождению в науках и произвождению в профессоры природных россиян» [10, c.52].

В этих условиях у Ломоносова появилась мысль о создании университета в Москве. Структура Московского университета была пред­ложена Ломоносовым в июле 1754 г. Ломоносов считал, что в нём должно быть три факультета — юри­дический, медицинский и философский, с двенадцатью профессорами. Понимая, как трудно найти подготовленных к слушанию университетского курса молодых людей, Ломоносов предлагал соз­дать при университете гимназию, «без которой университет как пашня без семян» [10, c.54]. Примечательным является его пред­ложение ввести в гимназиях «Российскую школу», т. е. цикл заня­тий, посвященных изучению русского языка и русской истории. Это нововведение, лежащее в русле просветительской патриотической программы Ломоносова, удалось ему осуществить лишь тремя годами позднее, когда он стал куратором академической гим­назии.