4 февраля 1628 года вместе с группой протестантов ему вновь пришлось покинуть Чехию и отправиться в город Лешно. Здесь он становится ректором национальной школы и примерно в этот период Ян Амос Коменский начинает свой труд "Великая дидактика". Он приходит к мысли, что одной из главнейших наук человечества является педагогика. Только образуя и воспитывая человека, мы сможем построить благоустроенные государства и хозяйственные системы, считал великий педагог. Он пишет трактаты "Открытая дверь языков", "Открытая дверь предметов" ("Всеобщая мудрость христианская ."), "Предвестник пансофии" (всеобщей мудрости). Произведения Коменского становятся известными среди протестатских педагогов и Самуэль Гартлиб, известный английский реформатор, приглашает его в Англию.

Путешествие в Англию начинается летом 1641 года. Сразу по приезду Ян Амос пишет "Путь света". Его работа "Предвестник пансофии" переводится сразу на несколько языков и расходится по Европе. Но политические страсти настигают его и здесь. В конце 1641 года Англия погружается в пучину гражданской войны. Коменский уже устал от постоянных приключений, он ищет более спокойного места, и в 1642 году переезжает в Гаагу, а затем и в Лейден, где встречается со знаменитым философом и математиком той эпохи Рене Декартом. Здесь, в Нидерландах, он окончательно принимает предложение поехать в Швецию. Таким образом он пытается достичь сразу нескольких целей. Он оказывается в протестантском государстве, получает возможность беспрепятственно творить, и, кроме того, удовлетворять финансовые запросы Общины. В Швеции, по замыслу канцлера этого государства, Каменский должен на практике осуществить реформу школы, описанную педагогом в "Великой дидактике". Местом для эксперимента был избран Эльбинг (ныне территория Польши). Работа продвигалась трудно, приходилось переводить на другие языки ранее написанные книги. Много времени отнимала и дипломатические протестантские миссии, которые часто поручали Каменскому. И в 1648 году, не дождавшись результатов деятельности Яна Амоса, шведы приняли за платформу школьную реформу, предложенную упсальским университетом. Практически в тоже время умирает вторая жена Коменского.

Коменский, оставшись без покровителей, возвращается в Лешно и становится епископом. Протестантский священник такого ранга не мог быть холостым, и 17 апреля 1649 года Коменский женится на Яне Гаюсовой. К тому времени постоянные военные неудачи подорвали дух Чешских братьев и отражением этого является трактат Коменского "Завещание умирающей матри - Общины братской - своим сыновьям и дочерям, коим вручает она богатства свои и назначает наследников" [7, с. 118].

В 1650 году Коменский получает очередное предложение высоких особ - князь Сигизмунд Ракоци предложил ему осуществить реформу трансильванских школ в Верхней Венгрии. 13 февраля 1651 года началось преподавание по новой системе в городе Шарош-Патак. Успехи преподавательской деятельности заставляют отказаться Каменского от политической деятельности, он начинает работу над "Миром чувственных вещей в картинках", пожалуй, одним из первых пособий подобного рода в истории европейской педагогики. Он составляет песенно-драматический сборник "Школа-игра" для обучения детей латинскому языку.

Наладив деятельность новой школы Коменский покинул хозяев " . в начале июня 1654 года, и далеко за городские ворота провожали учителя толпы горожан, профессора и студенты Шарош-Патака". [7, с. 140]

И вновь в работу педагог вмешивается война. Польша, оккупированная Швецией восстала, и 27 апреля 1656 года польские партизаны осадили Лешно. Город пал и началась резня протестантов. Коменский бежал из города. Коменский утратил все имущество, накопленное за 28 лет, и, что более ужасно для потомков, большую часть своих рукописей. Многие протестантские центры наперебой зазывали к себе Яна Амоса. Он решил избрать для своего поселения Амстердам (столицу Батавии). Сын давнего покровителя Коменского Лаврентий де Геер взялся оплачивать труд педагога и издание его сочинений. Результаты не замедлили сказаться. В Нюрнберге выходит "Мир чувственных вещей в картинках". В 1657-1658 году издана наконец "Великая дидактика" в четырех томах. Книгу ожидал оглушительный успех. "Сам автор перестал пренебрежительно относиться к своему творению, считая его тормозом для более важной "Пансофии"". [7, с. 153] Ученый начинает работу над "Всеобщей мудростью".